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沈巧琦也在,其他人没看到。
“哟,今天怎么有空过来?”段维转过头来,看到是她。
“有件事想问你一下。”程竞星说。
“什么事?”
程竞星走到墙上的大屏幕前,目光直接落在右下角那个区域。
“这条边。”她抬手指了指那条淡蓝色的细线,“W3窗口清洗之后才浮现的,对吧?”
段维转过椅子,顺着她指的方向看过去。
“对,那个置信度中等,跨批次都在,怎么了?”
“这两个节点,你注释过吗?”
“标了。”段维站起来,走到电脑前点了几下,把那个区域的放大图调出来。
“左边这个是AcrB,外排泵核心组件,耐药相关,文献里很多,右边这个……”
他顿了顿,“LOC-ARG-7742,功能未知,公共数据库里注释不完整,我们当时没重点关注。”
程竞星点了下头。
“它在清洗前的版本里不存在?”
“不存在。”段维确认,“W3窗口噪声太重,简单阈值过滤的时候那个区域整片被清掉了。
你们那个贝叶斯框架跑完之后它才浮出来。”
他看了程竞星一眼:“你注意到它了?”
“嗯。”
段维等了几秒,发现她没继续说。
“……所以?你发现了什么?”
程竞星没有立刻回答。
她看着屏幕上那条淡蓝色的线,组织了一下语言。
“这条边连接的区域,节点密度很低,像孤岛。
它在所有批次里都稳定出现,但信号极弱,说明它不是强调控关系,更像是某种条件下的特异性连接。”
段维皱了下眉:“你是说,它只在特定条件下才激活?”
“对。”程竞星说,“如果AcrB是外排泵组件,那这条边可能指向一个对它有调控作用的因子。”
“但这个因子在正常条件下不活跃,所以前人做常规筛选的时候没抓到它。”
实验室里安静了两秒。
段维的手指无意识地敲着鼠标。
他又看了一眼那条边,然后转回来看程竞星。
“你是说……这可能是AcrB的一个未知调控节点?”
“我不确定。”程竞星说得很克制,“我只是从网络结构上看,这条边的存在模式不像随机噪声。”
“但如果它真的对应某种条件特异性调控,那它可能和耐药机制有关。”
“也可能什么都不是,只是某种无关的代谢旁路。”
她耸了耸肩,说得很平静。
但段维已经坐不住了。
他猛地转回电脑,把那个节点的编号复制下来,粘进NCBI的搜索框里。
结果跳出来。
和程竞星之前搜到的一样,标注为功能未知。
仅在少数宏基因组数据中出现。
没有明确的蛋白结构注释,没有已知通路归属。
段维又切到STRING数据库,输入那个编号,看看有没有已知蛋白互作网络里的邻居。
结果是没有。
“这东西……”段维盯着屏幕,声音低了下来,“数据库里几乎是一片空白。”
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